Der Universitätsverlag Wagner kann auf eine jahrhundertelange Geschichte zurückblicken. Seine Entstehung führt in die Anfänge der Buchdruckerkunst zurück. Der Name geht auf den Buchdruckergesellen Michael Wagner aus dem bayerischen Deubach zurück, der 1639 die Witwe des Innsbrucker Buchdruckers Hanns Gäch heiratete. Die Tiroler „Landesfürstin“ Claudia de Medici bewilligte Wagner zwei Monate nach der Hochzeit die Ausübung seines Gewerbes. 1667 erwarb Michael Wagner den zweiten in Innsbruck bestehenden Betrieb, die Hofdruckerei. Damit trat er als Hofbuchdrucker auch die Nachfolge des ersten erwähnten „Regierungsdruckers“ Rupert Höller (1554) an und hatte eine Zeitlang eine Monopolstellung in der Stadt inne.
Über zweihundert Jahre wurde der Betrieb von der Familie Wagner geleitet. Michael Alois Wagner, der letzte männliche Nachkomme, nahm 1801 seinen Schwager und Buchhalter, den aus Stuttgart stammenden Casimir Schumacher, als Gesellschafter in die Firma auf, der diese nach Wagners Tod als „k.k. Hof-, Landschafts- und Buchdruckerei“ weiterführte und in den schwierigen Jahren 1807–1809 als Bürgermeister von Innsbruck amtierte.
1916 verkaufte Eckart von Schumacher, der Urenkel Casimirs, Verlag und Druckerei an das Verlagshaus Reinhold Kiesel und führte nur noch die Buchhandlung (Wagner‘sche Universitätsbuchhandlung) weiter. Verlag und Druckerei blieben noch fünf Jahre lang miteinander verbunden. Der Wagner‘sche Universitätsverlag wurde als Gesellschaft mit beschränkter Haftung handelsrechtlich eingetragen und 1921 an Dr. Wieser, Dr. F. F. Grebmer zu Wolfsthurn und Günther von Grothe verkauft.
In der Zwischenkriegszeit und insbesondere nach dem Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich 1938 und während des Zweiten Weltkriegs sahen sich die wechselnden Gesellschafter vor schwere Aufgaben gestellt. 1944/45 wurde das gesamte Archiv durch Fliegerbomben vernichtet und auch ein großer Teil der wissenschaftlichen Werke zerstört. Bereits 1935 war der Direktor und spätere Kommerzialrat Josef Rubner (1898–1966) erstmals zum Geschäftsführer der Universitätsverlags Wagner Ges.m.b.H. bestellt worden. Bis zu seinem Tod 1966 hatte Rubner die Verlagsleitung inne. Ihm folgte bis 1975 der Gesellschafter Dr. Josef Müller aus München, Staatsminister a.D. (1898–1978), in der Geschäftsführung.
Ein neuer Abschnitt in der Verlagsgeschichte erfolgte 1975, als die Druckereifamilie Grasl aus Bad Vöslau bei Wien die Universitätsverlag Wagner Ges.m.b.H übernahm. 35 Jahre blieb der Verlag im Besitz dieser Familie.
Mit 23.12.2010 übernahm der StudienVerlag sämtliche Anteile am Universitätsverlag Wagner. Dieser ist nunmehr als selbständiger Verlag in die StudienVerlags-Gruppe eingebettet. Damit soll nicht nur der Fortbestand des Universitätsverlags Wagner auf Dauer sichergestellt, sondern ihm auch die Möglichkeit geboten werden, dass er sein eigenständiges Profil als akademisch-wissenschaftlicher Verlag vertieft und erweitert. Markus Hatzer nimmt die verlegerische Leitung des Tiroler Traditionsunternehmens wahr.